长征结束后，博古出任中华苏维埃共和国中央政府西北办事处主席兼中共中央组织部长，在短短一年多的时间里，他为发展陕北经济以及为刘志丹等人的冤假错案平反等，做了大量具体的政府工作和组织工作。
1936年12月12日，当日本侵略者加快侵华步伐之时，张学良、杨虎城为逼迫蒋介石抗日，将其扣留在西安，毅然发动西安事变。事变发生当天，张学良便致电中共中央：“吾等为中华民族及抗日前途利益计，不顾一切，今已将蒋及重要将领陈诚、朱绍良、蒋鼎文、卫立煌等扣留，迫其释放爱国分子，改组联合政府。兄等有何高见，速复。”稍后，张学良、杨虎城又联名电邀中共中央派人到西安共商大计。
13日，张闻天、周恩来、博古、朱德、张国焘等人在毛泽东居住的窑洞里召开会议，商议西安事变的解决方案与方式，随后回复张学良：“提议立即将东北军主力调集西安、平凉线，十七路军主力调集西安、潼关线。”“红军担任钳制胡（宗南）、曾（万钟）、毛（炳文）、关（麟征）、李仙洲各军。”“恩来拟来兄处协商大计，如何？盼复。”