后来，拿破仑突然乘坐一艘快速帆船回到了法国。在法国本土，当时督政府受到了来自各方的威胁，急需拿破仑的帮助。凯旋的拿破仑作为埃及的征服者受到法国人民极大的欢迎。他很明智，并没有过多谈及叙利亚的战事。
当初拿破仑离开法国时，只有英国和法国为敌，但是当他回到法国时，却发现欧洲已经形成了一个反法同盟。当然，英国参加了这个同盟，因为从一开始，英国就坚决抵制法国对欧洲大陆的进攻。俄罗斯和奥地利是这个同盟的另外两个主要成员。
拿破仑不在国内时，督政府因急需大量的资金，曾派遣一支军队攻打了罗马，那里有为数不多的共和党人。在罗马，法国人把能找到的钱财和艺术珍品都抢走了。教皇庇护六世被当成俘虏，权杖被扔到了一边，戒指也被摘了下来，他先被带到锡耶纳，之后被囚禁在法国的一个小镇瓦朗斯直到死去。
欧洲各国听说教皇受到如此残暴的对待，都十分恐惧。法国很快成了罗马最憎恨的敌人。
与此同时，法国在瑞士建立了一个联合共和国，并称其为“海尔维第共和国”。之前各个州，也就是瑞士的各个行政区都习惯于自治，他们并不喜欢共和国这种新的政府形式。与瑞士一样，尽管极不情愿改变，那不勒斯王国最后也变成了一个共和国，当时那不勒斯的王后是玛丽·安托瓦内特的姐姐。