1946年5月3日，举行第一次公审。战犯们绝大部分都不承认自己曾参加策划过的侵略阴谋及具体活动；而东条英机则与众不同，他对自己进行的一切活动承认全部责任，没有缩小自己参加的决定和行动的重要性。但是，东条英机并不认罪，相反却认为那些侵略行动是必要的和不可避免的。东条英机在法庭上供述说：“日本的大东亚政策，是由于第一次世界大战后，随着世界经济的集团化，有必要谋求近邻相互间的经济合作而提倡的。后来由于东亚的赤化和中国的排日政策，爆发了中国事变。由于美、英、苏的直接或间接的援蒋行为，形势日趋恶化，为了对抗美、英的对日压迫，日本终于不得不采取自卫行为。”这正是日本法西斯强盗们的逻辑。
东条英机为自己的辩护主要有三个目的：把审判官指控他犯罪的事实说成与天皇没有任何联系；把战争的责任推到被侵略者头上；极力洗刷自己的罪责，维护自己的名誉。
到1948年4月，战犯们为自己的辩护全部结束。
远东国际军事法庭对东条英机等人的审判经过了两年的时间，开庭日数为417天，近1.2万人提出了口头或书面的证言。被受理的审判方面和辩护方面的证据近5200件。审判所使用的费用达1000万美元。
法庭在1948年11月4日再次开庭进行判决，首先判决11个人的罪行。判决是在原大本营大楼进行的。群众密密麻麻地聚集在临时看台前。以东条英机为首的被告们走上了被告席，远东国际军事法庭庭长塞·维·维耶茨布开始宣读1500页的法庭判决书，历时7天。法庭提出了充足的证据，控诉日本帝国主义的种种罪行及其与东条英机等人的关系。