不久，太子病死，朱元璋觉得燕王朱棣为人阴鸷沉稳，很像自己，就想立他为太子，但一些大臣反对，觉得于古礼不合，也对其他皇子无法交代，朱元璋只得立了朱标的儿子做皇太孙。燕王朱棣见太子已死，无人替蓝玉说话，在入朝奏事的时候就对朱元璋说：“在朝诸公，有人纵恣不法，如不处置，将来恐成尾大不掉之势。”朱棣虽未明指蓝玉，但大家心里都清楚，蓝玉曾在太子面前说过朱棣，朱棣现在要施行报复了，再加上“纵恣不法”四字，更是确指蓝玉。
在这种情况下，蓝玉竟还率性而为，一点也不约束自己。他出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌卫的叛帅，自以为功劳更大了，愈觉得意扬扬，本以为回朝后定会大有封赏，没想到朱元璋根本就不理他。到册立皇太孙时，他满以为会让自己做太子太师，却没想到自己还是太子太傅，反倒让冯胜、傅有德两人做了太子太师。蓝玉十分愤怒，扯着袖子大喊道：“难道我还做不得太子太师吗？”他这一番闹腾弄得朱元璋更不高兴。
自此以后，蓝玉上朝奏事，没有一件能够获准，但蓝玉不仅不知收敛，还更肆无忌惮，即使陪皇上吃饭，也出言不逊。一次，他见朱元璋乘舆远远经过，便指着说：“那个乘舆的人已经怀疑我了！”此语一出口，大祸即来。其实，蓝玉并未像胡惟庸那样谋逆，只是“祸从口出”罢了。锦衣卫听到了这句话，立刻告及蓝玉谋反，并说他与鹤庆侯张翼、普定侯陈垣、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯河荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人设计起事，欲劫皇上车驾，朱元璋听了，正想杀人而找不到借口，便不问青红皂白，一齐拿到朝廷，并亲自审问，再打入刑部大牢，以假作真，全部杀死。