戚继光得知倭寇大队人马前去偷袭台州，立即带领大军赶赴台州，前去支援。戚继光赶到台州时，倭寇正在围攻台州，戚继光令旗一摆，大军摆成了“鸳鸯阵”，打得倭寇连连败退。戚继光亲自指挥每个小队的头领。戚继光训练的军队，作战勇猛，军纪严明，使倭寇遭到入侵以来第一次重创。
戚继光乘胜追击，在健跳所、大田、上峰岭、仙居等九地作战，九战九捷，共斩倭寇1400多人，倭寇被焚烧、溺水者也有4000多人。
台州大捷，倭寇有来无回，浙东一带的倭寇被全部歼灭。“戚家军”的大名威震四方，倭寇一听是“戚家军”，都吓得惊慌失措。
戚继光升任都指挥使，负责海防事务。为了更有力地打击倭寇，又增募义务民兵2000人，这些人也都能征善战。
台州大捷后，倭寇便向福建进行侵犯。戚继光带领“戚家军”转战到福建。嘉靖四十一年，“戚家军”大败倭寇于横屿、牛田、兴化。戚继光根据地形，摆出了“三才阵”，这一次大战斩倭寇3000多人。
抗倭寇名将俞大猷多次配合戚继光，这一次也来到福建，二人并肩作战，打得倭寇连连败退。嘉靖四十四年，戚继光与俞大猷将福建、广东的倭寇全部消灭掉，肃清了境内的残倭。