奕?走后不久，山东道监察御史董元醇提出让太后垂帘听政、选择亲王辅政等公开和八大臣唱反调的建议。他的奏章让两宫太后看了之后非常满意，第二天，两宫太后就抱着小皇帝面见八大臣，要他们讨论董元醇的奏章。八大臣当然不会赞成董元醇的建议了，他们纷纷强烈反对，声称自己只听命于皇帝，不听命于太后。当时场面一片混乱，同治帝吓得哭了起来，太后们也都气得说不出话来。八大臣退朝后写了一道批驳董元醇的奏章，但太后不肯盖章，八大臣威胁不盖章他们就罢工，两宫太后只好屈服。
八大臣赢得了首轮交锋，更加得意了。而太后们则看清了他们的真实面目，尤其是心胸狭窄的慈禧，更是对他们恨之入骨。当时清朝的两支嫡系部队分别掌握在僧格林沁和胜保的手中，两人和肃顺有矛盾，所以在奕?的劝说下都站在了太后一边。军事实力最强的曾国藩在这场斗争中并没有表态，他只是静观其变，虽然肃顺曾经来拉拢他，但是曾国藩丝毫不为所动。太后派的实力已经占了上风，肃顺等人并没有看到这一点，他们太相信皇帝遗诏的威力了，再加上奕?一直对他们很尊敬，很快就把八大臣的警惕心消除一空。
慈禧太后像
不久，太后返回了京城。这个时候肃顺还没有回京，他是八大臣的主心骨，他的缺席让其他7个人无所适从。当天太后就下了谕旨将八大臣抓了起来，分别关押在宗人府和监狱里面。太后下令将肃顺斩首示众，端华和载垣赐死，其他几人发配边疆。就这样，太后派取得了胜利，奕?也夺取了大权。当时太后和奕?都是20多岁的年轻人，人们都给予他们很高的期望，希望他们能够带领中国富强起来。可谁也没有想到，正是这几个年轻人，尤其是慈禧，把中国带入了更加痛苦的深渊。由于政变发生在干支纪年中的辛酉年，所以称这次政变为“辛酉政变”。