在康熙十六岁的那一年，一切终于准备就绪了，他先把“娃娃兵”布置在书房内，等鳌拜单独进见奏事时，康熙一声令下，“娃娃兵”一齐涌上，顿时把鳌拜掀翻在地，死命按住，康熙又让“娃娃兵”把鳌拜捆绑牢靠，投入了监狱。这群“娃娃兵”做完了一件大事，尚且蒙在鼓中，还以为是小皇帝爱胡闹，让他们捉鳌拜考较功夫呢？也只有这样，才能守得住秘密，否则，鳌拜的耳目极其众多，只怕要“出师未捷身先死”了！
在捉住鳌拜之后，康熙立即宣布了他的十三大罪状，并组织人审判鳌拜，把鳌拜集团的首恶分子也一网打尽。不久，鳌拜死于狱中。此后，康熙又为受鳌拜迫害和打击的人平反昭雪，放还了被鳌拜霸占的民田，又限制了奴仆制度，改革了政府机构。康熙真是“三年不鸣，一鸣惊人”，他这些雷厉风行的重大举措，使得一些反应慢的大臣简直有目瞪口呆之感，但他们很快就缓过神来，觉得康熙实在是一位英明的君主。康熙也从此集中了权力，建立了威信。
康熙在从七岁到十六岁这段时间中虽然因鳌拜专权而备受牵制和压抑，但他的少年生活基本上还是自由和正常的。也许是满族人刚刚入关的缘故，他们还没有汉人皇族那样严格的礼教观念，也不按汉人那样严格地照规矩去生活，所以，康熙在少年时代还可以像一般人家的子弟一样在身心两方面得到较为正常的发展，而不像以前的许多皇帝在童年、少年时代就造成了有一定畸形倾向的性格。据说，努尔哈赤及其许多儿子都目不识丁，只有第八子皇太极略通文墨，可见，满族人重武轻文，到康熙这一代，仍无多少礼教观念，然而，康熙毕竟生活在汉人地区。汉族的文化开始浸透到满族的贵族之中，再加上满族人从皇太极开始就十分重视汉族的文化，因此，康熙自幼年起就开始大量接触汉人的文化典籍了。